О номере
Публикации
Партнеры
июнь 2023 (опубликовано: 27.06.2023)
Выпуск 2(56)
Главная > Содержание > Анализ геномных вариантов клеток Escherichia coli К-12, устойчивых к инфекции фагом Т7
Аксенов Р.Г., Комиссарова А.В., Скутель М.А., Исаев А.Б.
В лаборатории анализа метагеномов получены мутанты Escherichia сoli BW25113, устойчивые к инфекции фагом T7, обладающие мукоидным (слизистым) фенотипом и являющиеся объектами данного исследования, цель которого определить механизм приобретения ими устойчивости к бактериофагам. Сформированы задачи проведения полногеномного высокопроизводительного секвенирования обнаруженных мутантов с последующей обработкой данных, проанализированных на основе методов биоинформатического анализа, заключающихся в поиске геномных вариантов исследуемых штаммов с помощью программного обеспечения bowtie2 и SNP calling, предсказании значимости этих геномных вариантов с использованием IGV-browser, предсказании функций геномных локусов с привлечением открытых баз данных EcoCyc и NCBI. Обнаружены и изучены с опорой на ранее опубликованные научные работы мутации в локусах генов igaA, RcsC, yjbF, yjbG, yjbH, затрагивающие компоненты каскада передачи сигнала Rcs – основного регулятора экспрессии генного кластера yjbEFGH, ответственного за синтез колановой кислоты. Доказано, что обнаруженная устойчивость возникла в ходе отбора мутантов, образующих колановую капсулу, предотвращающую адсорбцию фаговых частиц за счет создания физического барьера перед фаговым рецептором на поверхности клетки. Генетические скрининги, масштабируемые на новые комбинации атак фагов на бактерии, очень ценны для более глубокого понимания путей заражения фагов и фенотипов, и генотипов устойчивости к ним. В настоящее время общее понимание механизмов устойчивости бактерий к фагам остается ограниченным, и данная работа посвящена устранению пробелов в этом разделе науки.
Читать статью полностью
Ключевые слова: прикладная геномика; молекулярная биология прокариот; генетика мукоидной резистентности; полногеномное высокопроизводительное секвенирование; Rcs каскад; коллановая кислота; E. coli K-12; фаг Т7
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License
УДК 579.258
Анализ геномных вариантов клеток Escherichia coli К-12, устойчивых к инфекции фагом Т7
В лаборатории анализа метагеномов получены мутанты Escherichia сoli BW25113, устойчивые к инфекции фагом T7, обладающие мукоидным (слизистым) фенотипом и являющиеся объектами данного исследования, цель которого определить механизм приобретения ими устойчивости к бактериофагам. Сформированы задачи проведения полногеномного высокопроизводительного секвенирования обнаруженных мутантов с последующей обработкой данных, проанализированных на основе методов биоинформатического анализа, заключающихся в поиске геномных вариантов исследуемых штаммов с помощью программного обеспечения bowtie2 и SNP calling, предсказании значимости этих геномных вариантов с использованием IGV-browser, предсказании функций геномных локусов с привлечением открытых баз данных EcoCyc и NCBI. Обнаружены и изучены с опорой на ранее опубликованные научные работы мутации в локусах генов igaA, RcsC, yjbF, yjbG, yjbH, затрагивающие компоненты каскада передачи сигнала Rcs – основного регулятора экспрессии генного кластера yjbEFGH, ответственного за синтез колановой кислоты. Доказано, что обнаруженная устойчивость возникла в ходе отбора мутантов, образующих колановую капсулу, предотвращающую адсорбцию фаговых частиц за счет создания физического барьера перед фаговым рецептором на поверхности клетки. Генетические скрининги, масштабируемые на новые комбинации атак фагов на бактерии, очень ценны для более глубокого понимания путей заражения фагов и фенотипов, и генотипов устойчивости к ним. В настоящее время общее понимание механизмов устойчивости бактерий к фагам остается ограниченным, и данная работа посвящена устранению пробелов в этом разделе науки.
Читать статью полностью
Ключевые слова: прикладная геномика; молекулярная биология прокариот; генетика мукоидной резистентности; полногеномное высокопроизводительное секвенирование; Rcs каскад; коллановая кислота; E. coli K-12; фаг Т7
DOI 10.17586/2310-1164-2023-16-2-3-12
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License